เนื่องในวโรกาสแห่งศุภมงคลวาระที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชฯ เสด็จเถลิงถวัลยราชสมบัติครบ 50 ปี  ในวันที่ 9 มิถุนายน 2539  นับเป็นวโรกาสพิเศษยิ่ง กรมสามัญศึกษา สำนึกใน   พระมหากรุณาธิคุณที่พระองค์มีต่อพสกนิกรชาวไทยอย่างล้นพ้น  โดยเฉพาะในด้านการศึกษา จัดตั้งโรงเรียนมัธยมศึกษา 9  โรงเรียน  เพื่อเป็นโรงเรียนในโครงการเฉลิมพระเกียรติฯ  โดยได้รับพระมหากรุณาธิคุณโปรดเกล้าโปรดกระหม่อมพระราชทานนามโรงเรียนว่า กาญจนาภิเษกวิทยาลัย  ต่อท้ายด้วยชื่อจังหวัดที่เป็นสถานที่ตั้ง  ของโรงเรียน  พร้อมทั้งพระราชทานพระบรมราชานุญาตให้อัญเชิญอักษรพระปรมาภิไธยย่อ ภปร. และพระมหาภิชัยมงกุฎเป็นเครื่องหมายของกลุ่มโรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัย ทั้ง 9 โรงเรียนประกอบด้วย จังหวัดนครปฐม  สุราษฎร์ธานี  กระบี่  สุพรรณบุรี  อุทัยธานี  เพชรบูรณ์  กาฬสินธุ์  ชัยภูมิ และฉะเชิงเทรา 

               นโยบายที่สำคัญข้อหนึ่งของรัฐบาล คือ การกระจายโอกาสทางการศึกษาให้แก่เด็กในชนบท          ได้มีโอกาสเลือกโรงเรียนได้กว้างขวางยิ่งขึ้นอธิบดีกรมสามัญศึกษานายบรรจง พงศ์ศาสตร์ และผู้ว่าราชการจังหวัดนายวิเชียร รัตนะพีระพงศ์  เห็นว่าจังหวัดอุทัยธานีเป็นจังหวัดที่สงบ  ปราศจากแหล่งเริงรมย์ มีสิ่งแวดล้อมที่ดีบริสุทธิ์เป็นเลิศและเป็นเมืองที่ปิด  ไม่มีความพลุกพล่าน  จึงเป็นจังหวัดที่มีศักยภาพเหมาะสม   ที่จะเป็นศูนย์กลางทางการศึกษา ของเขตการศึกษา 6  กระทรวงศึกษาธิการ  จึงได้ประกาศตั้งโรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัย อุทัยธานี เมื่อวันที่ 27 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2538  เพื่อเป็นการเฉลิมพระเกียรติฯ และเป็นอนุสรณ์ในวโรกาสที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชฯ ทรงครองสิริราชสมบัติครบ 50 ปี  โดยมีชื่อว่า “โรงเรียนเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชฯ ทรงครองสิริราชสมบัติครบ 50 ปี จังหวัดอุทัยธานี” ตำบลดอนกลอย อำเภอหนองขาหย่าง จังหวัดอุทัยธานี ต่อมา กระทรวงศึกษาธิการได้รับพระมหากรุณาธิคุณอันสูงยิ่งจากพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชฯ พระราชทานชื่อเป็น  โรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัย อุทัยธานี  โดยประกาศเปลี่ยนชื่อโรงเรียน ในวันที่       29 พฤษภาคม  พ.ศ  2538

                 เริ่มรับนักเรียนครั้งแรกเมื่อปีการศึกษา 2538 โดยใช้สถานที่อาคารชั่วคราวโรงเรียนอุทัยวิทยาคม ปีการศึกษา 2539 จึงได้ย้ายมายังที่ดินของตนเอง ณ หมู่ที่ 2 ตำบลดอนกลอย อำเภอหนองขาหย่าง จังหวัดอุทัยธานี  โดยสร้างอาคารชั่วคราวหลังคามุงแฝก ใช้จัดการเรียนการสอน 2 ปี ปีการศึกษา 2539 – 2540 และก่อสร้างอาคารถาวรและใช้ประโยชน์ได้เมื่อปี 2540 จนถึงงปัจจุบัน

 

                    โรงเรียนมีพื้นที่ทั้งหมด 127 ไร่ 33 ตารางวา  ประกอบด้วย  ที่ดินสาธารณะประโยชน์                 เลขที่ 14503 จำนวน 116 ไร่ 53 ตารางวา และที่ดิน ซึ่งนางออมรัก รัตนพีระพงศ์ นายกเหล่ากาชาด จังหวัดอุทัยธานี ยกให้อีก 10 ไร่ งาน 80 ตารางวา

 

                    โรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัย อุทัยธานี  มีพิธีวางศิลาฤกษ์ 2 ครั้ง คือ

                    ครั้งที่ 1  วันอังคารที่ 26 กันยายน พ.ศ. 2538  โดยมีนายบรรจง  พงศ์ศาสตร์  อธิบดีกรมสามัญศึกษาเป็นประธานในพิธีวางศิลาฤกษ์

                    ครั้งที่ 2  วันพฤหัสบดีที่ 6 มีนาคม พ.ศ. 2540  โดยมีนายจรินทร์  สวนแก้ว  ผู้ว่าราชการจังหวัด อุทัยธานี  เป็นประธานในพิธีวางศิลาฤกษ์ (แผ่นดินฤกษ์พระราชทาน)

                    สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินทรงเปิดอาคาร โรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัย อุทัยธานี เมื่อวันเสาร์ที่ 29 กันยายน พ.ศ. 2544

​